Wraz z transformacją ustroju 4 czerwca 1989 r., w kraju odrodził się samorząd. Po wielu sporach, negocjacjach i publicznych dyskusjach 18 maja 1990 r. Sejm RP uchwalił „ustawę o ustroju Warszawy”.
27 maja 1990 r. w demokratycznych wyborach samorządowych mieszkańcy Warszawy wybrali swoich przedstawicieli do rad siedmiu gmin-dzielnic. Na prezydenta Zgromadzenie Wyborcze Warszawy wybrało znanego urbanistę Stanisława Wyganowskiego, który pełnił już tę funkcję od 27 stycznia 1990 r., na mocy decyzji premiera Tadeusza Mazowieckiego. Powrót do korzeni demokracji samorządowej po 56-letniej przerwie dał Warszawie ponowną szansę rozwoju zgodnego z wolą swoich mieszkańców.
Warszawa po raz kolejny stała się tematem obrad Sejmu RP 25 marca 1994 r., gdy to uchwalono ustawę o ustroju miasta stołecznego, wprowadzającą podział na 11 niezależnych gmin.
W 1999 r. po wprowadzeniu reformy administracyjnej kraju w Warszawie powstał chaos organizacyjny i kompetencyjny. Dotychczasowy układ gmin i dzielnic warszawskich objęty został dodatkowo powiatem ziemskim, którego starosta nosił tytuł prezydenta miasta. Brak było ścisłego podziału zadań pomiędzy prezydentem miasta a burmistrzem gminy Centrum, co prowadziło do ciągłych konfliktów. Łączna liczba radnych powiatowych, gminnych i dzielnicowych w Warszawie osiągnęła wówczas ponad 700 osób.
Po uchwaleniu w 2002 r. nowej tzw. ustawy warszawskiej, miasto stało się jednolitą gminą miejską na prawach powiatu, która jest częścią województwa mazowieckiego, składającą się z 18 dzielnic, to jest jednostek pomocniczych.
Pomimo ciągłych zmian legislacyjnych Warszawa przeżywa gwałtowny wzrost gospodarczy, podejmowane są tu wielkie inwestycje, ostatnio współfinansowane ze środków Unii Europejskiej.
Od 1994 r. w stolicy powstały dziesiątki nowych dużych obiektów biurowych, centrów handlowych, osiedli mieszkaniowych. Miasto stało się najbardziej atrakcyjnym, w tej części Europy, miejscem inwestowania światowych kapitałów. Poprawia się komunikacja m.in. za sprawą Metra Warszawskiego, którego uruchomienie miało miejsce w kwietniu 1995 r., a w 2008 r. zakończona została cała pierwsza linia podziemnej kolejki, przewożącej codziennie ok. 450 tysięcy ludzi.
Samorządowa strategia rozwoju komunikacji w dynamicznie rozwijającej się metropolii, zakładająca – najkrócej rzecz ujmując - nie tylko przybudowę dróg, ale kompleksowe funkcjonowanie całego systemu komunikacyjnego: od dróg dojazdowych, przez parkingi, po najważniejsze arterie wskazuje, że stolica wykorzystuje potencjalną dostępność wielkich źródeł finansowania inwestycji. Samorząd skłania się do rozwijania myślenia planistycznego, do budowania strategii i długofalowych planów rozwoju miasta. Ułatwia je uzyskany dostęp do unijnych środków – 309,60 mln zł dofinansowania na projekty inwestycyjne oraz 40,97 mln zł na projekty społeczne w Warszawie. Tworzone są więc plany i strategie, rozwija się myślenie o perspektywicznych potrzebach stolicy